台独分子与法轮功早有勾结。但双方打得火热，却是近两年来的事。李洪志在美国的处境尴尬，急需在海外寻求另一个长久的立足之地，而台湾无疑是最好的选择。按理说，境外法轮功组织应当与台独分子更能沆瀣一气。比如，双方具有共同的政治目的，具有相同的文化背景，认同感应当更强。这也是台独势力和法轮功组织一拍即合的一个原因。但是，从深层次来看，法轮功组织与台独势力的结合，一方面是由于法轮功组织与美国生出龌龊之后，急于在其他方向寻找退路，寻找另外一个根据地，而台独势力恰恰能够为法轮功组织提供新的庇护所；另一方面，台独势力也需要一个组织为其台独摇旗呐喊，法轮功组织是最好的人选。利用法轮功组织为台独势力摇旗呐喊，既不需要台独势力亲自出马，以免引起众怒，又能达到大造声势的目的。所以，法轮功组织与台独势力臭味相投，也就不足为奇了。
　　但是，这种看起来像“蜜月”一样的关系，却潜藏着多重危机。
　　首先，李洪志刚愎自用、妄自尊大的性格不变。对李洪志来说，成为世界的主宰是其一贯追求，自然不甘久居人下。可以预见，李洪志在美国的发展过程，同样会在台湾重演一遍。这是毋庸置疑，只是时间而已。
　　其次，台独势力对法轮功的支持也是有限的。不论台独势力如何叫嚣，但有一点是肯定的，即台独势力不敢突破“底线”。而法轮功分子恰恰要突破台独的“底线”，这无疑会给台独势力带来麻烦，双方自然生出冲突，届时法轮功必然要受到压制。这对法轮功来说，无疑又是一件十分痛苦的事。
　　第三，法轮功在台湾难以再有大的作为，其政治利用价值会逐渐降低。最近几年，法轮功的闹事手段不过那么几套，闹事效果也不过那么回事，到了台湾之后，已经没有什么高招可以引起台独势力的兴趣，到时候只好卷起铺盖走人。